Es el eje fundamental del funcionamiento de la institución. Refleja la manera como nos ordenamos y preparamos para ejecutar acciones y alcanzar los objetivos que nos proponemos. En el contexto actual, yendo a la par con los cambios, el surgimiento de nuevas necesidades y exigencias, hemos ido adoptando nuevas formas de organización que nos permitan alcanzar nuestras reivindicaciones como pueblos.Para garantizar una buena organización institucional contamos con instrumentos como el organigrama, los estatutos, los reglamentos internos de cada área, los manuales de funciones, instrumentos de planificación como el Plan de Vida y los Planes Operativos Anuales. Consideramos también que es esencial la autoridad moral y la capacidad que tengan las personas que integran tanto la directiva como el equipo operacional para organizar la marcha de la institución en forma adecuada, coherente y transparente.
Para poder observar esto claramente podemos poner un ejemplo tan claro como puede ser la mujer indígena:
Ya sea desde la comunidad o desde la organización regional, la mujer indígena en Madre de Dios, desempeña un rol fundamental en la marcha de las comunidades, y en las luchas del movimiento indígena a nivel nacional. Desde sus primeros años, el consejo directivo de la organización estuvo integrado por mujeres, en particular, en el cargo de Asuntos Femeninos que fue creado en el año 1987. Posteriormente, en el XVI Congreso de la organización, se creó el Área Mujer Indígena.El Área tiene como objetivo promover la participación de la mujer en todos los niveles y líneas de trabajo de la organización, a través de la formación y capacitación de las mujeres líderes, el respeto de sus derechos y su acceso a espacios de análisis, discusión, toma de decisiones y ejecución de acciones.
